En 1924, el Concejo Deliberante de la Ciudad de Buenos Aires cede el predio al Ministerio de Marina a través de un decreto para que sea utilizado como centro de instrucción militar. El texto establecía que ante cualquier cambio en el destino de las instalaciones el predio debería regresar al poder de la Ciudad.
El terreno de 17 hectáreas fue ocupado con 35 edificios en los que funcionaron: la Escuela de Mecánica, la Escuela de Guerra Naval y el Casino de Oficiales, entro otros. Los estudiantes ingresaban a carreras tales como Electrónica, Aeronáutica, Mecánica Naval, Operación Técnica de Radio, Meteorología y Oceanografía. Los alumnos se recibían de técnicos y tenían la opción de seguir la carrera militar o ejercer su profesión en cualquier otro ámbito.
A partir del golpe de Estado del 24 de marzo de 1976, la ESMA pasó a formar parte del dispositivo represivo instrumentado en todo el territorio nacional, convirtiéndose en uno de los centros clandestinos de detención, tortura y exterminio más emblemáticos de la última dictadura cívico-militar. Por aquí pasaron alrededor de 5.000 víctimas de las cuales sobrevivieron sólo 200. Una de las particularidades de este centro fue el funcionamiento de una sala clandestina de maternidad, donde nacieron al menos 34 bebés de detenidas-desaparecidas que fueron posteriormente apropiados por los represores. Al igual que todas las unidades de la Armada, la ESMA desempeñó plenamente una doble función: ser una escuela de formación técnica de suboficiales y ser un Centro Clandestino de Detención. Esta doble funcionalidad comprometió a gran parte de su personal, desde oficiales a cabos, marineros y conscriptos.
En el año 2000, la Legislatura porteña aprobó un proyecto de declaración en el que le solicitó al Gobierno de la Ciudad que exigiera a la Nación la devolución de los terrenos.
La Corte Suprema ratificó, en febrero de 2001, la prohibición de demoler la ESMA y señaló que el Ejecutivo había descuidado su deber de “preservar bienes que pueden constituir pruebas valiosas, en relación a hechos de nuestra historia reciente aún no aclarados”.
La recuperación del predio que ocupara la Escuela de Mecánica de la Armada (ESMA), fue asumida como política de Estado a partir de 2003, en el marco de la lucha de los organismos de Derechos Humanos de la Argentina por la Memoria, la Verdad y la Justicia.
El 24 de marzo de 2004, al cumplirse el 28° aniversario del golpe, el Gobierno Nacional encabezado por Néstor Kirchner anunció la creación del Espacio Memoria y Derechos Humanos (ex ESMA). Luego de efectivizada la desocupación por parte de las Fuerzas Armadas, el 20 de noviembre de 2007 la Nación y la Ciudad Autónoma de Buenos Aires firmaron el convenio de creación del Ente Público Interjurisdiccional Espacio para la Memoria y para la Promoción y Defensa de los Derechos Humanos que tiene a su cargo la administración del predio.
En la actualidad en este espacio conviven distintas instituciones. Tienen su sede organismos de Derechos Humanos tales como Abuelas de Plaza de Mayo, el Espacio Cultural Nuestros Hijos de la Asociación de Madres de Plaza de Mayo, Familiares de Desaparecidos y Detenidos por Razones Políticas, H.I.J.O.S. y Madres de Plaza de Mayo Línea Fundadora. También se encuentran el Archivo Nacional de la Memoria, el Centro Cultural de la Memoria Haroldo Conti, la Secretaría de Derechos Humanos de la Nación, el Equipo Argentino de Antropología Forense, el Museo Malvinas, Educ.ar y el Instituto de Políticas Públicas en Derechos Humanos Mercosur. En el edificio donde funcionó el Centro Clandestino hoy se encuentra el Museo Sitio de Memoria ESMA.
La ex ESMA hoy es un lugar de referencia nacional e internacional en políticas públicas de memoria y en la promoción de los derechos humanos y es visitado por más de 25.000 personas al año.